南普陀寺位于市區五老峰下，面對龍海市南太武山，南面是廈門大學。南普陀寺是廈門著名古剎。建于明代永樂年間(1403-1424年)，明末（1628年）毀于兵火。清康熙二十三年（1684年），靖海侯施瑯將軍重建，因寺院是奉觀音菩薩為主，又位在我國四大佛教道場之一的浙江舟山普陀山之南，故稱南普陀寺。
南普院寺規模宏大，總占地25.8公傾，建筑面積21270平方米。從南到北主軸有天王殿、大雄寶殿、大悲殿和藏經閣四座，加上左右廡廊，鐘樓鼓樓、功德樓、海會樓、普照樓、太虛圖書館、佛學院教室、養正院等。所有這些建筑依傍山勢，層層托高，莊嚴肅穆。近些年來，在天王殿南面有放生池、兩座新建的萬壽塔和兩個涼亭以及荷花池等，在兩池之間有七座由釋迦牟尼佛、迦葉佛等七尊佛像組成的七佛塔，萬壽塔高11層，富有南亞佛教建筑的風格，使南普陀寺風景更加美麗。
天 王 殿 也稱彌勒殿，彌勒佛慈眉笑眼，耳垂雙肩，袒胸露臍，笑容可掬，似乎對每一位游客都表示恭候光臨。
彌勒佛在印度是一尊頭戴王冠、身體不胖的坐像，而在我國則成了手拿布袋體貌肥壯的光頭和尚。據說他云游各地，無憂無慮，自由自在，人們怎么逗他，他總是眉開眼笑、和善待人。后來他在岳林寺磐石坐化，口中念念有詞："彌勒真彌勒，分身千百億，時時示世人，世人不自識"。
天王殿兩側是魁梧高大、英俊威武的四大天王。全身顯得金碧輝煌。屋頂的剪瓷藝術，耐人欣賞。
大雄寶殿 是轉逢和尚于1932年重建的，一座重檐歇山頂建筑，琉璃石柱，雕梁畫棟，莊嚴肅穆。主要供奉過去、現在、未來"三世尊佛"，中間是釋迦牟尼，東邊是藥師佛，西邊是阿彌陀佛。
釋迦佛兩旁，還有兩位尊者，東邊是大弟子迦葉尊者，西邊是堂弟阿難陀尊者，前面是千手千眼觀音。民間傳說：古時有個老人，養了三個女兒，一天老人病了，需要人眼做藥引子。大女和二女都不管，而小女自愿獻出自己的眼睛，治好老人的病。此事感動了釋迦牟尼，便創造了一個千手千眼觀音來紀念她，并站在自己的面前。
大雄寶殿建筑，體現了"閩南佛殿"四大特點：一、墻上有"清影搖風"、"楚江秋吟"等山水花鳥畫，和"神河沐浴"、"六年苦行"等釋迦牟尼誕生故事的連環畫。二、屋脊是彎月起翹、紫燕凌空，顯得輕巧靈動。三、構造精巧，技藝講究，屋脊嵌有"九鯉化龍"、"麒麟奔走"、"鳳凰展翅"等圖案，都是剪瓷鑲嵌而成。四、建筑材料取材本地花崗巖、青斗石，所有梁、柱、礎、斗拱、欄干都獨具特色。
大 悲 殿 建于清初，被火焚燒。1930年太虛和尚重建，1962年重修。大悲殿內奉祀觀音，其余三面為48臂觀音，掌中各雕一只手眼。手上持多種法器，姿態不一，各臻其妙。
大悲殿為八角三重飛檐，全以斗拱架疊建成，殿內藻井，全用木料斗拱，不用一支鐵釘。仰視藻井，別致美麗。 藏 經 閣 為兩層文物樓。建于1936年。樓下是法堂，是僧人講經說法的地方。
二樓是玉佛寶殿，有緬甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典經書數萬卷。其中較為珍貴的有宋代《磧砂藏經》，明代《大藏經》、《佛說阿彌陀經》、血書《妙法蓮花經》、《日本大藏經》等，還有唐代銅佛、宋代銅塔、明代觀音菩薩施甘露像，以及高僧大德的墨寶。
1924年，南普陀寺由臨濟宗轉逢和尚改為十方叢林選賢制，會泉法師任第一任方丈。寺內有1925年創辦的為國內最早的佛教學府－－閩南佛學院。1934年，弘一法師又增辦佛教養正院，迎來了南普陀寺建寺以來前所未有的興旺時期。1937年，佛學院因抗戰而停辦。十幾年間佛學院共培養學生200余人，不少人為馬來西亞、新加坡、菲律賓等東南亞國家的佛教事業做出巨大貢獻。1985年，佛學院重新辦學，現設養正院、預科班、正科班，各為兩年制，1992年起又增設二年研究班，在國內及東南亞地區有著廣泛的影響。南普陀寺與廈門大學僅一墻之隔，卻兩種意境；"古樸與摩登并存，小和尚和大學生為鄰。"
